眼看形势不妙，小仓藩将领小笠原忠真首先率领本部退却，熊本藩将领细川忠利紧随其后，熊本藩是此次联军的主力，他们的退却犹如多米诺骨牌，幕府联军终于雪崩。
义军见势全军出击，幕府联军一路丢盔卸甲，大败而走。
以阵亡三千八多人的代价，击败了十一万幕府联军，斩敌四万多人，义军一时间声威大震，各地百姓纷纷来投，义军很快发展到八万人。
三月二十二日，义军包围了熊本城，熊本城是九州大城，而熊本藩也是九州的强藩，所以熊本城的守卫力量非常强大。
惨烈的熊本城攻防战打了半个月，义军由于缺乏训练，终于以伤亡一万五千人的代价攻破了熊本城。
由于伤亡太大，“天王”天草时贞下令屠城，把所有不信天主教的城民全部杀死。屠城的目的就是要抢夺财物，筹集军费用于购买军火，另一个目的就是震慑幕府。
联军大败，熊本城被屠，消息传到整个东瀛，整个东瀛上下无不震动，幕府大惊！
德川家光一面再次组织联军，一面通过长崎的商人向西洋人发出求助，希望能够买到更多的大炮和军火。
义军崛起，熊本城被屠，九洲岛大乱。三月二十六日，又一条消息震惊幕府，平户藩藩主松浦九信以一名自家武士在肥前藩佐贺走失为由，突然出兵肥前藩，占领佐贺城，平户藩实现了初步的扩张。
肥前藩在本时空不算大藩，但是比小小的平户藩实力不知强了多少倍，竟然被平户藩一击即溃，毫无还手之力，领地也被吞并，惊掉了一地的眼珠子。
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