四艘战列舰在遭受轰炸时，旅顺内港口的二十余艘其它军舰也同时在经受空中打击，而最大的重巡洋舰壱岐号自然是关注的重点，该舰原是俄国太平洋第三分舰队的旗舰“尼古拉一世”号战列舰。该舰于对马海战中被日海军击伤后逃跑，最后于一九〇五年五月底在竹岛附近水域被日军俘获 ；随后被拖入佐世保整修，六月被编入日本舰队命名为“壹岐”号。该舰原本为战列舰，但到了日本海军这里，降了一级，变成了巡洋舰，谁叫它只有九千多吨呢！
在十个六机编队的轰炸下，港口内的日本军舰乱作一团无处可逃；他们比外面的军舰战备工作更松懈，只到头顶的*落下，几艘军舰被炸沉所有人才反应过来。这些除了壱岐号之外只有七八百吨、一两百吨，最多不过一千吨的小型军舰*艇，根本就经受不住一颗两百五十公斤*的攻击，就连一枚近矢弹掀起的大浪，都可以将一艘一百吨左右的*艇打翻。就这样，半个小时不到，日本海军旅顺分舰队就遭受了重大损失，近可以说全军覆没；整个旅顺港口内内外外烟火一片，海里在燃烧，岸上也在燃烧。另外十三个六机编队的轰炸机群，对岸上的日本目标进行了轰炸，就连空中护航的战斗机也忍不住加入了对地面的攻击行动。
旅顺，是暗影系统重点关注的地方之一，日军在这里的一切目标都已经被他们掌握，且早已传回到相关部门备案。这次攻击之前，除了两艘战列舰和一些驱逐舰*艇是后来加上去的之外，其它的一切情况都没有改变。日军在旅顺的兵营、弹药库、岸防火炮工事、各日本银行、火车站，甚至连更远一些的大连日本军营和车站，包括满铁株式会社的地点都遭受了飞机的轰炸。南满铁路最南端的起点，因此而中断营运达四个月之久，给日本造成了巨大损失，这是后话。