福船上的人员编制情况是，每艘福船有捕盗（船长）1名，舵工2名，缭手3名，扳招（负责操纵“招”，协助控制航向的人员）1名，上斗（位于桅杆顶端望斗上的瞭望手）1名，椗手2名，甲长（相当于班长）5名，每甲士兵10名，共65人。
平时船上每5甲士兵编为1哨，每名甲长管士兵10名，每甲士兵都各司其职。第1甲为佛狼机炮手，甲长专门负责施放佛狼机炮，敌人靠近就投掷火砖、烟罐等火器；第2甲为鸟铳手，甲长指挥放鸟铳；第3、4甲为标枪杂艺，敌人远的时侯，甲长负责照管船只和指挥本甲士兵摇橹，敌人近的时侯投掷标枪、石块和火药桶；第5甲为火弩兵，他们负责发射火箭和弓弩，由甲长统一指挥。其中5名士兵射弩，5名士兵放火箭。平时在船，5甲士兵四面摆放。各甲各器，长短相间，面朝船外站立。如遇敌船，则随敌船所在方向一齐动手。没有敌人的方向，每面也要留两个人防守，以防敌人偷袭。福船船头设有炮架，安放大口径火炮1门。此外第一甲发兵4名，专管船头甲板下；第二甲发兵4名，专管左右舷的水仓门。