贞观后期，唐太宗心骄志满，魏征多次提出批评劝告，唐太宗口头接受，行动难改，许多大臣都阿谀奉承，歌功颂德，这些人中也包括长孙无忌。贞观十八年四月，唐太宗幸临太平官，对侍从的大臣们说：“人臣顺旨者多，犯颜者少，今朕欲自闻其失，诸公其直言无隐。”这应该是劝谏唐太宗的良机，但长孙无忌等人却违心地说：“陛下无失。”〔8〕当时，只有刘洎和马周谈了太宗的过失。同年八月，太宗对长孙无忌说：“人苦不自知其过，卿可为朕明言之。”又一次令长孙无忌谈自己的过失。长孙无忌说：“陛下武功文德，臣等将顺之不暇，又何过之可言。”唐太宗当即就指出这是“曲相谀悦”〔8〕。唐太宗晚年不好直言，难得征求大臣们意见，长孙无忌却以阿谀代替忠谏，这是他作为名臣良佐的缺陷。
三
晚年，唐太宗最烦心的是太子问题。贞观十七年四月，李承乾被废，之后，最有资格被立为太子的，是长孙皇后的另外两个儿子：魏王李泰和晋王李治。两人相比，李泰的条件更为优越，首先他是长孙皇后的次子，比李治年长九岁，唐太宗对他思宠逾制，令其在王府中置文学馆，听任其招揽贤人学士，赏赐甚至超过太子，还不时在言谈中暗示要立李泰为太子，待承乾被废之后，又“阴许立泰”。李治是长孙皇后的三子，唐太宗的九子，不论从年龄还是父子感情看，均处于劣势，但舅父长孙无忌却大力支持，“固请立晋王治”〔9〕。李泰、李治都是长孙无忌的外甥，长孙无忌为什么弃太宗所宠，而要立李治呢？这并非私人感情，而是有重要政治背景的。
唐太宗统治后期，长孙无忌在朝臣中权重无比，为了在太宗之后仍维持这种局面，长孙无忌希望未来的皇帝，即今日的太子，应该由一个仁孝听话的外甥充当，这样，自己会得到尊重，权势会得到保障。因晋王李治生性懦弱，成为他极力支持的对象。而魏王李泰则不同，从小聪明绝伦，稍长善作诗文，成人后喜好经籍、舆地之学，从贞观十一年开始置文学馆收纳士人，文武官员也纷投门下，形成一股政治势力。李泰恃才不恭，上品官员不放在眼里不说，关键是不去争取舅父对自己的支持。长孙无忌知道，如果李泰做皇帝，依靠重用的必定是他自己的党羽，绝不是他这个舅父，所以不愿李泰立为太子。
两子争立，一边是才华出众的李泰，一边是懦弱少能的李治，按理说，立李泰是自然的，但唐太宗不能。李泰集团的主要成员是功臣子弟，他们靠祖上资荫，身处高官，奢侈放纵，希望通过李泰当皇帝，达到驱逐元老，自己掌权的目的。李治的支持者则是以长孙无忌为首的元老重臣，其中包括李绩、褚遂良等。长孙无忌既是唐朝的开国元勋，又是唐太宗的佐命大臣，是贞观政治的忠实执行者。唐太宗希望自己死后，贞观政治依然坚持下去，只能靠长孙无忌等元老重臣的辅佐，而绝不是李泰手下的那帮纨绔子弟。为此，他不得不舍爱立李治为太子。由于李治仁弱，不像自己，唐太宗在立了李治后，思想仍在动摇反复，一度又向长孙无忌提出想改立“有英武才”、“英果”似己的三子吴王李恪，被长孙无忌挡了回去，说：“晋王仁厚，守文之良王，且举棋不定则败，况储君乎？〔10〕唐太宗只好作罢，临终前，将辅佐李治的重任托与长孙无忌和褚遂良。。
长孙无忌以回天之力促成李治继立，是为唐高宗。高宗即位后，立即拜、门下二省事，长孙元忌辞去了知尚书省事，但仍任太尉同中书门下三