最后的江东死忠程普也战死沙场，蒯越将军没有为难他们。将战死的将士们都好生安葬，死者为大。荆州四万水军伤亡不多，只是李术将军的一万庐江军伤亡殆尽。没有办法，蒯越一部没有步军只能以李术将军所领步军为主力。
刘琦闻之李术将军战死，亦是伤感不已，下令让人好生安葬，并且重赏其家人，使其衣食无忧。程普战死，江东最后一股反对刘琦的势力也消灭了。随着孙权的卸任，刘琦正式统领江东。
江东新占，人心未附。刘琦这时还不能走，留着继续处理政务。处理当地事物，还是当地人出面最好，为了避免孙氏的影响和北面抗击曹操，刘琦询问诸葛亮之后，把扬州治所迁至建业城。
刘琦自领扬州牧，在建业另开一府。同时在其征南大将军府上，实施三省六部制。至于在扬州这里实行，因为扬州新占。士人都不敢反对，生怕被刘琦当做孙氏死忠处理。荆州士族根基纵横，怕是不易实施。
这样在江东有了良好的条件，刘琦稍稍把汉朝的制度一修改就变成了三省六部制。在这里没有父亲刘表的掣肘，也没有了士族大家的反对，和一些愚忠官员的喋喋不休的劝谏。
扬州六郡都已落到刘琦手中，是时候该分蛋糕了。一方面刘琦任用孙氏旧臣，同时提拔江东当地士人，再加上刘琦带来的荆州一部分官员构成了江东的体系。
李严领庐江太守，官至横江将军，同时领兵一万，同副将吕岱、朱桓，北抗曹操；徐庶领丹阳太守驻扎建业虎视徐州，领兵一万，副将徐盛，黄叙；朱治为豫章太守，吕范为会稽太守，严峻为庐陵太守，顾雍为吴郡太守。同时任贺齐为讨越将军，留赞为校尉，领兵一万征讨山越宗贼。择其精壮充军，女子小孩，为屯田民。文聘为虎威将军，领一万水军防守长江下游；甘宁为虎翼将军，防守长江上游，领水军一万。
有李严徐庶把守扬州关隘城池，即使曹操来犯也不惧他。况且长江天险，和两万荆州水军精锐，纵使曹操二十大军也不能踏入江东一步。
管理好江东政务军事，刘琦就开始了三省六部制度的改革。三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。现在许都只有尚书台，中书省和门下省只是初具规模并没有形成。
现在刘琦只能以征南大将军府的名义开府，下辖三省，三省督六部。六部管理各州、各郡、各县。
刘琦自领征南大将军，都督荆、扬、交、广四州军事政务。父亲刘表被刘琦上书封为楚公，只等曹操的回复。尚书省尚书令蒯良中书省中书令刘先，门下省侍中蒯越。六部分别为吏部尚书蒋琬、侍郎伊籍；兵部尚书贾诩、侍郎陆逊；户部尚书赵累、礼部尚书严峻、刑部尚书张昭工部尚书张纮。
刘琦废除州牧制，改为刺史制度。于此同时加强了刺史的职权有行政、司法等权力，废除了其军事、立法权，可以任命包括太守之下的官员。
同时任命庞统为荆州刺史，持节都督节制荆州兵马；诸葛亮为扬州刺史，持节都督，节制扬州兵马；赖恭为交州刺史，韩嵩为广州刺史。诸葛瑾为荡寇将军，都督交州广州两州兵马。
三省各有明确分工，中书省起草昭书，门下省封驳审议，尚书省负责执行。对于三省制，；中书省和门下省成立的目的，在于分割和限制尚书省的权力。主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
中书省的侍郎，主要职官有中书舍人。中书省主要负责秉承皇帝旨意起草诏敕；起草之责主要由中书舍人负担。主要官员有刘先，杨仪等；
门下省的长官为侍中，副长官为门下侍郎，主要职官有给事郎主要官员为蒯越，廖立。门下省主要负责纠核朝臣奏章，复审中书诏敕，如认为不当，司以封还和加以驳正，称“封驳”。驳正之权主要由给事中掌握。
中书、门下二省都设在刘琦征南大将军府内，所以又有谏诤之责，设左右谏议大夫、左右补阙、左右拾遗，分属二省（左属门下、右