董卓残忍诛杀，诸将有言语蹉跌者，随便就杀戮于眼前，因此人不聊生。司徒王允与司隶校尉黄琬，仆射士孙瑞，尚书杨瓒密谋诛杀董卓。中郎将吕布便弓马，臂力过人。董卓因为自己遇人无礼，行止常以吕布自卫。甚是爱信之。誓为父子。然而董卓性格刚偏，曾因为吕布小失其意，就拔手?掷向吕布，幸亏吕布身手便捷才躲开了。然后改容致谢，董卓意才稍解。吕布由是阴怨董卓。董卓又使吕布守中阁，而吕布与董卓侍婢有私，因此更加不自安。王允素来善待吕布，吕布见王允自叙几乎见杀之状，王允因此将谋诛董卓的计划告诉吕布，使其为内应。吕布说：我和他之间的父子关系怎么办？王允说：你自姓吕，本非骨肉。如今忧死不暇，何为父子？掷戟之时，岂还有父子之情？吕布遂答应了他的请求。
夏四月丁巳，皇上有疾新愈，大会群臣于未央殿。董卓朝服乘车而入。陈兵夹道，自营至宫。左步右骑，屯卫周匝。令吕布等捍卫前后。王允使士孙瑞自己写诏书交给吕布，吕布令同郡骑都尉李肃著卫士服，守住北掖门以待董卓。董卓入门，李肃以戟刺之，董卓衷甲不入。伤臂坠车。回头大呼说：吕布何在？吕布说：有诏讨贼臣。董卓大骂说：庸狗怎敢如此放肆？吕布应声持矛刺董卓，然后挥军上前斩杀之。主薄田仪及董卓苍头奔向董卓的尸首，吕布又刺杀他们。凡所杀三人。吕布即拿出怀中诏板号令吏士说：有诏讨董卓，余皆不问。吏士皆正立不动。大称万岁。百姓歌舞于道。长安中士女卖其珠玉衣装，市买酒肉相庆者，填满街肆。董卓弟董旻，董璜等及宗族老弱在郿，皆为其群下所砍射死。
将董卓暴尸于市，当时天气始热，董卓素来肥胖，脂流于地。守尸之吏将大火把放在董卓肚脐中，点燃，光明达曙。如是积日。诸袁门生聚董氏之尸，焚灰扬之于路。郿邬中有金二三万斤，银八九万斤。锦绮奇玩，积如丘山。
以王允录尚书事，吕布为奋威将军，假节，仪比三司。封温侯。共秉朝政。
董卓之死，左中郎将高阳侯蔡邕在王允身边坐着，闻之惊叹。王允勃然怒斥他说：董卓是国家大贼，几亡汉室。君为王臣，就应当与大家一同疾恨之，如今却怀其私遇，感到伤痛。岂不是与他一道为逆吗？即着人收付廷尉。蔡邕谢罪说：身虽不忠，但古今大义，耳所厌闻，口所常玩，又怎么会背国而向董卓呢？愿黥首刖足续成汉史。士大夫多出面相救，不能得。太尉马日?对王允说：蔡伯喈（蔡邕字）旷世逸才，多识汉事，应当使他续成后史，为一代大典。而所坐至微，诛之不是徒失人望吗？
王允说：昔武帝不杀司马迁，使其作谤书流于后世。方今国祚中衰，戎马在郊，不可令佞臣执笔在幼主左右，既无益圣德，复使我们这些人蒙其讪议，这是万万不可的。
马日?退出后对人说：王公难道没有后代吗？善人是国家纪纲的遵守者，制作是国家的大典。灭纪废典，他在位能够长久吗？
蔡邕遂死于狱中。