等到阮大铖到北京时，赵南星一伙人使之补工科。
吏居第一，而工居最末。本来按资历递补应该轮到吏科的阮大铖，就这样矛盾激化了。
适时魏忠贤出现了，他让阮大铖得偿心愿。
但是，阮大铖的官没能做多久，魏忠贤的失势加上东林党的可怕压力就让他上任未及一月便只能弃官逃回老家，但从此阮大铖发誓与东林决裂。
所以说，阮大铖的背景非常复杂，哪党都有牵连，可哪党都视他为敌。
阮大铖别的本事没有，可他搞党争整人是一把好手，
也就是这时，他给自己铺设了一条康庄大道，成了他的一个必杀大招，可以起死回生。
那就是他对马士英有再造之恩。
话得从魏忠贤失势之后说起，当时东林党人趁着魏中贤失势被杀，阉党一溃千里之际，大搞株连，一时间朝中阉党或杀或贬或流放，马士英就是此时被流放的。
崇祯时，阮大铖与张溥交情颇好，便想着动用了自己与冯铨的关系，和张溥一起为周延儒复起而奔走。
周延儒复出后，阮大铖要求周延儒举荐自己，但周延儒迫于和东林——复社一脉有君子协议，不敢起用“逆案”中人。
于是和阮大铖协商，最后阮大铖提出起用马士英。
马士英才被起用，他被起用时，尚在戍籍，也就是说他还是个带罪流放者，当时茫然不知这任命是怎么回事，至事后才知此乃阮大铖所为，故对阮感激涕零。
而他与张溥的关系就此而起，也因此在张溥死后，为了替其经营后事而一月奔波千里，在此事上可略见一斑。
也就是说，这个人人喊打的过街老鼠，至少有一个可能称道的地方，那就是懂得知恩图报。
当然，这种“小事”，自然被东林、复社一众清流所忽略了的。