朱大典对最后这支叛军队伍并没有斩尽杀绝，他派出了宋把总这些反正的叛军武官对他们进行劝降，叛军大部下山投降，一部分人投海自杀。登州城终于收复了。
而这时候驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领的水师也赶到了。水师对叛军的舰船进行了截杀，叛军武官陈光福被俘。叛军舰船又损失了七艘。
虽然损失还不算大，但是这次截杀彻底把叛军设想的：在辽东沿海占据一个岛屿或一块三不管的地方，武装割据一方的梦想给彻底打碎。走投无路之下，孔有德和耿jing忠铁了心，他们带领剩下的舰船、人员，投降明朝的敌国——后金。
于是孔有德立刻派人与后金联络接洽，接着他们在后金指定的地点登陆。皇太极派出了汉八旗将领打退了明军的追剿，接应孔有德叛军进入后金的领土。
对于孔有德这些东江镇的叛军的投降，一开始皇太极也有些不敢相信，到底东江镇和后金之间的仇恨太深了。皇太极开始还以为是明朝做出的苦肉计呢。
不过当皇太极了解到这次孔有德是把他们家属全部带在身边来投降的，也证实了这次是真实的投降行动后，皇太极是大喜过望，他亲自在盛京（即现在的沈阳）城外迎接孔有德、耿仲明。
孔有德这次投降的人数有一万零三百多叛军及其家属（其中战斗部队三千一百人），孔有德投降后，他的部队被改编为汉八旗，但番号却不是“尼堪超哈”（汉兵）而是“乌珍超哈”（火器兵），这足以看出皇太极对这支部队的另眼相看。
但最令后金高兴的是，孔有德带来了至少二十门葡萄牙澳门造炮局原装的西洋大炮和大量明朝自造的小炮、鹰铳和火铳，还有大量的由葡萄牙军事顾问所直接传授，弹药制造技术以及瞄准知识与仪器cao作的军事技术人才。
与一般现代人所了解的不同的是，在清朝建国之前，后金军对于火器是相当重视的。作为一个战争民族，他们怎么会对火器这种军国利器视而不见呢？之所以后金军中没有广泛的使用火器，无非是他们在火器的人才和技术上太缺乏了。
不过在皇太极的督促和重视下，在大凌河城战役中，为了阻击救援的明军，由早期投降后金的汉人武官佟养xing仿制的西洋大炮，第一次投入了战场，后金军队的一个崭新的战术——炮骑合击，开始初露端倪。
但是仿制的火炮到底威力太小，后金军中会使用火炮的兵丁也太少。可这次得到了孔有德叛军的加强，后金军野战，尤其是攻城战的战斗力提高了不止一个等级。
不仅如此，海战是后金最欠缺的地方，而孔有德带来了大量的战船，使后金也建立了自己的海军，他们可以凭船运炮使他们可以绕过山海关，在明朝沿海任何一个地方登陆。
因此可以这么说，孔有德叛军的投降，使得后金军补上了自己身上的最后一块短板。
而在投降三个月后，孔有德就迫不及待的要求在后金军进攻皮岛、旅顺的战役中，充当马前卒。在汉jian党的领路之下，旅顺失陷总兵黄龙自杀，孔有德算是报了被海上追杀的一箭之仇，也算是交上了自己的入伙投名状。
同时在此役中，他还策反了山东三矿徒的第三个人尚可喜。这样山东三矿徒——孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降后金。至此，皇太极通过连续的招降纳叛，他的的汉兵部队已经有了相当大的规模，可以这么说，此时与明朝对抗的已经不仅是满族（女真），而是整个东北地区以满族为首的各民族的武人集团。
更由于皇太极对于孔有德他们优厚的待遇，起到了千金买马的作用，以致于在今后与后金军的作战中，明军多了一条投降后军的新出路。由此可以看出，从人物的本身来说，皇太极的眼光和个人气度，完全称得上是雄才大略。
自此，历时十八个月孔有德叛乱结束。虽然明朝平息了叛乱，并在太庙举