重新营建东林书院，常州知府欧阳东风和无锡知县林宰帮了很大的忙。落成之后，顾宪成与志同道合的高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等人讲学其中，来听讲求学的人称顾宪成为泾阳先生，后来也有人称他为东林先生。
当时，不少怀抱道义而不被当政者所接纳的士大夫退归林野，东林书院的重建使他们找到了知音，因此都争相前来，使得“学舍至不能容”。顾宪成常：“当京官不忠心事主，当地方官不志在民生，隐求乡里不讲正义，不配称为君子。”他的这些观点博得同志者的响应。讲学之余，他们聚在一起，用委婉的语言议论朝政，褒贬品评执政的大臣。用“君子”和“人”去区别政治上的正邪两派。这样一来，朝中的一些官员，如孙丕扬、公鼐、邹元标、赵南星等人，也与东林书院遥相应和、互通声气。他们怀着忧国忧民的意识，意在有所作为，就形成了一股不容忽视的政治势力，与他们唱反调的那一派称他们为“东林党”。东林党人号称“清流”影响着下的舆论。
东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，反对“矿使”、“税监”，甚至敢于冒犯“龙颜”。当凤阳巡抚李三才受到内阁大臣论处的时候，在东林书院讲学的顾宪成就上书给叶向高、孙丕扬，称颂李三才的政绩。御史吴亮把顾宪成的信抄在邸报中，使攻击李三才的人大为恼火。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经查抄了太监陈增的爪牙程守训的几十万赃款及大量的奇珍异宝，并将程守训依法治罪，办了一件大快人心的好事。他还在万历二十七年和二十八年，多次上疏，陈述矿税的弊害。万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防范水旱，这些主张非但没有被采纳，反而被罚了5个月的俸禄。李三才在反对矿使税监的奏章中指责神宗皇帝：“陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱；陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？”
朝廷对李三才起用不决，礼部右侍郎、詹事府詹事公鼐飏言曰：“今封疆倚重者，多远道未至。三才猷略素优，家近辇毂，可朝发夕至也。”侍郎邹元标趣使尽言，以言路相持而止。后御史叶有声追lùn_gōng鼐与三才为姻，徇私妄荐，在朝廷魏忠贤的一手操控下，礼部侍郎公鼐被罢官削职。
对于后妃干政和宦官专权，东林党人始终加以反对，哪怕是削职罢官，逮捕问罪也坚持不改。在“争国本”事件和以后发生的“梃击”、“红丸”、“移宫”三案中，东林党人都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者。
东林党人还在“京察大计”中力图整肃吏治。“京察”和“外察”是对官吏进行考耗两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用。 万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是赵南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。到了万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅，