然而随着翟式耜入梧州，朝局似乎开始变化了，原来因为畏惧他威势不敢反对他的官员，现在一个个胆子似乎都大了起来，对他的一些要求都开始委婉的拒绝了，他安插在朝中的亲信也被各部官员有意识的排挤，架空掉了。甚至一些之前已投奔他的阉党官员现在对他也是若即若离的状态。
翟式耜的存在，已经切切实实的让他感觉到了巨大的威胁，事实上，梧州城上下似乎已经不再是他说了算了，这种感觉让陈邦傅很不爽。
于是陈邦傅暗中和心腹谋士商议，打算除掉翟式耜，即便杀不了他，也要翟式耜远离朝廷，远离梧州。
正月二十日的清晨，数百名营兵打扮的士卒，手执刀枪棍棒，从东城破门而入，一路上高声嚷着索饷，最后齐聚翟式耜的临时府邸。
翟式耜得报大惊，军队哗变是大事，他努力使自己镇定下来，随即找来了负责城中仓廪的户部官员，让他即刻取出库银当场支付军士们的欠饷。
户部官员一脸哭丧的告诉翟式耜，府库存银只有三万两，不够军士们索要的额度。
就在众人无计可施的时候，翟式耜的夫人邵氏主动站了出来，邵氏当众命人取来了自己所有的首饰交给了哗变的军士们，并且承诺将会满足哗变军士们的要求，尽量早日补足饷银的缺额。见到这一场景一些军士深受感动，主动收好了刀剑按原路返回兵营中去了，可是还有百余军士却在知晓内情的营官的带领下继续留了下来，而他们的借口是饷银还差了那么一点，不补足他们的饷银就要开杀戒。
这下翟式耜幕府里的官员都感到一阵胆寒，连首辅夫人身上佩戴的耳环、手镯都交出去了竟然还不够数，难不成上天注定真的要让大家被乱兵砍死吗！
关键时刻，朱由榔得到军队哗变堵住了首辅翟式耜的府邸的消息后，立即派出吴继嗣领着两百锦衣亲军前去解围，两百锦衣亲军各个锁甲在身，刀枪齐备的骑马奔到了翟式耜府邸。
带头索饷的陈邦傅部将没有想到只有几百御前亲卫的皇帝竟敢派亲兵阻止军队哗变，面对突然而到的天子亲军，哗变主谋营官一时之间有点措手不及，也不知如何是好，只能在撂下几句狠话后逐渐散去回营了。
在皇帝的干涉下搞垮瞿式耜的计划出现了纰漏，消息传到陈邦傅耳中时，陈邦傅感到一丝吃惊，皇帝就几百兵力就敢阻止营兵的哗变，这勇气可不是一般的大，难道他不怕引火烧身吗？这是陈邦傅没有考虑到的问题。不过在一番深思熟虑过后，陈邦傅终于明确了一件事情，要想搞定瞿式耜就得先搞定皇帝，只要皇帝服软，翟式耜就得下台！
于是陈邦傅故计就施，第二天，令亲信带领本部三千人马突然包围了行宫。包括皇帝朱由榔在内的所有人无不大惊失色。
眼见宫门的守卫即将抵挡不住，紧要关头，朱由榔亲自出马来到行宫门口找营官答话。几经交流试探，朱由榔终于得知了军士围宫的理由：讨说法！
营官首领向朱由榔禀告说，户部已经很久没给他们发饷银了，昨天去向首辅大人讨饷，首辅大人肯勒着不给，所以弟兄们一时忍耐不住没能获得陈大帅的批准就擅自来围了宫讨说法。营官首领特意强调此事陈大帅绝不知情，希望朝廷不要错怪大帅！
朱由榔听完后立马就明白了里面的道道，他当即表示：“既然尔等不是谋反又不想连累陈爱卿，就不可再轻举妄动，等陈爱卿来了，朕亲自与他分说！”
营兵们第一次与贵为九五至尊的皇帝如此近距离的见面，心里本来就比较紧张，一见到天子如此镇定威严毫无畏惧，便不由自主的安静了下来，并停止了挤兑宫门的举动。
看到天子出马压住了场面，宫内的小内监也马上行动了起来去总兵府找陈邦傅火速入宫解决此事。
还没有等到内监们出宫门，陈邦傅自己就到了。
军士们见大帅来了，纷纷避让两旁，主动给他让了一条道。
顺着那条通道，陈邦傅大步走到皇帝跟前，深施一礼