战役开始时，所有玩家势力均默认处于中立阵营。
选择阵营仍是两次机会：系统维护结束后，玩家有24个小时确定自己的阵营；第二次机会则是在72小时之后，即现实三天时间。如果两次阵营选择时机都错过，那么很抱歉，只能在讨伐董卓战役中做一个旁观者。
董卓阵营和诸侯阵营互为敌对，攻击敌对阵营获得功勋值的具体规则，也与黄巾战役差不多。自由玩家仍然只有一次初始功勋，到战役中后期，功勋来源将集中在npc部队身上。
总的来说，阵营选择和功勋获取模式，与第一次全国战役大同小异。
但与黄巾起义战役相比，讨伐董卓战役还是有很多不同。
首先，讨伐董卓战役划设有“战区”。
参战玩家势力，必须派遣至少一半领地部队或军团玩家进入前线战区，参与战役大会战。派遣部队到战区有强制性，如果玩家拒绝履行阵营义务，将会直接被踢出战役，重新回到中立阵营，直到讨伐董卓战役结束。此外，只有在战区才能获得功勋值，战区外打得再热烈，都不会获得阵营功勋！
要想在讨伐董卓战役里获得好名次，唯一的办法就是在战区奋勇作战！
考虑到游戏中第一次出现战区设定，官网解释了可能出现的误区。
1、战斗难免折损，战损后前线兵力降至总兵力半数以下，会如何判定？
官方举例：某领地共5000部队（一级城市规模最大兵力），履行阵营义务派遣2500人，战役进行期间陆续阵亡2000人，前线仅剩下500将士，这将被界定为“正常战损”，保留该领地继续参与战役的资格。
2、前线战损后领地征兵，总兵力发生变化时，系统会如何判定？
继续沿用上例，前线阵亡两千人为例，不同征兵数量作相应分析。
a、征兵不超过2000人。
即新征士兵不超过“前线”战损，新征兵力将被视为需履行阵营义务。领主可自行决定是否让相应部队再次赶往战区，该部分兵力可以留在领地，但不得参与对敌对阵营势力的进攻。
b、征兵超过2000人。
新征召的士兵超过前线战损，除抵扣实际战损兵力外，超出部分一半兵力应履行强制阵营义务，征召完成后三个游戏日内，强制阵营义务的部队需动身赶往战区。简单地讲：倘若征兵3000人，抵扣2000战损的部队，剩余1000人会被视为领地总兵力提升，其中500人（一半）必须赶往前线参战，补充战损那2000人的部队要不要去由领主决定，但若是留在领地里。依然不得参与对敌对阵营势力的进攻。
这是为了防备某些玩家势力自作聪明，故意将派往战区的部队消耗光，通过在领地征兵集中优势兵力，以不对称力量攻击附近敌对阵营玩家势力。通过规则设置，减少参战玩家势力后顾之忧。
3、战区外产生的战斗折损，可自行补充，与战区内的损失无关。
也就是说，即使玩家势力无需履行阵营义务的部队，在战区与敌对势力打生打死，领地可随意补充，只要不超过实际战损。
4、战区内外均发生折损，玩家征兵时，默认优先补充无阵营义务部队。
战区的设立，导致战役玩法发生根本性改变，那些身处战区的玩家势力明显更占便宜，不会因为距战区路途遥远，在路上耗去宝贵的战役时间。为让天南海北的玩家势力更为公平地参与战役，系统推出了相应平衡措施。
第二点不同，部分开通军团传送。
领地或驻地不在战区的参战势力，选阵营时可选定履行阵营义务部队，系统免费将首批参战部队随机传送到战区某县城。同时获赠一张军团传送卷轴（与领主或军团长绑定，无法交易），讨伐董卓战役结束前使用该卷轴，可传送至任意非敌对县城。