另外，镰仓时期起，武士家族为了家族的壮大，往往采取嫡长子继承的惣领制度，一族的领地只有嫡长子才能继承，其他家族子弟或者放弃武士身份参加农业劳动，或者作为嫡长子的家臣卑躬屈膝，再或者就只有出家为僧了。那些心有不甘的子弟要想出头，唯一的晋身途径就是为幕府效力，获取幕府御恩来换取自己的领地。但是这场抵御外敌的战争使这条唯一的途径也堵死了，武士阶层对幕府上层深深地失望了。..
由于这种不满，武士们相互之间出现了对立，各地武士出现了为领地而争斗的现象。武士们对负责战场直接指挥的各地守护也有了不信任感。为此幕府特别发布了要求守护与武士同心防御异国入侵的命令。
九州失陷后，镰仓幕府以异国防御为借口，大幅更迭了各国的守护。其中有六国守护是幕府执权北条一门，其他的新任守护也都是亲近北条氏的亲族。自北条时赖以后，北条氏逐渐加强了在幕府中的专制支配的权力，在元军入侵的期间，这种北条氏专权的集权统治已经到了露骨的地步，北条氏与身为镰仓幕府支柱的御家人之间的摩擦不断显现，这一不可调和的矛盾日益将镰仓幕府拖向了没落的泥潭，也预示着这场战争的失败。
在元军占领九州之后，日军曾组织水军，对元军发动过两次进攻，都被张禧轻易击败。意识到双方战斗力的差距后，日军不再进攻，而是开始全力构筑防御工事，等待元军的进攻。