国基院：当初封建明设立两院的初衷是为了效仿资本主义制度，但是因为各方势力拉锯扯皮，最终变成了一个不伦不类的地方。国基院最初设立时的职责是就是立法，但各方实力角逐的结果就是这个权力变成了建议权。国基院院士为各地按人口统计比例选出的代表（可不是现代投票选举啊，而是地方官员推荐，国基院工作人员及其他地区的院士进行走访调查，最后确定是否通过，先是成为各省的国基院院士，然后再由这些各省的国基院院士推举分别出来成为国基总院的院士），主要为各地有名望的士绅、退休官吏等。
两院的现在的运行模式分为两种：
第一种是由国基院院士提出建议，如果大多数院士通过，则呈报给皇帝，由皇帝决定是否采纳，如果决定采纳，就送交国柱院，由国柱院投票决定是否真正执行，如果投票没有通过，则被驳回，送回给皇帝。国柱院有三次否决权，如果第三次否决后，皇帝还要执行，则必须有超过三分之一的国柱院院士投赞成票，否则将永远封存，不予执行（也有特例，书中会详细介绍说明）。
第二种是由皇帝提出，交国基院投票，只要有三分之一投票通过，即可以转递国柱院进行表决，表决的方法同第一种。
最后是三总道（主官叫巡道，副官叫佐道）：
江河总道：相当于现代水利部和海事局，拥有水利部的大部分权利，但没有防汛抗旱指挥的职责。因为江河流域很广，而且往往是两省交界地标，所以将江河的管理直接提出来设立副部级的衙门。同时，随着大明朝的海上活动增加，江河总道还接管了海事职责。江河总道在各省设立的直辖部门叫做xx河道，比如河南就是河南河道，江苏就是江苏河道等等，靠海的省份的河道衙门还负责当地的海事，主官叫巡察。
盐铁总道：负责管理国家专营的盐、茶、烟、酒、矿石等国有资源的生产运营。相当于现代国家盐业集团、烟草集团等等国企的合体。但是只负责生产和总售，不负责分销环节。本来最初设置时还打算将粮食与食用油划入，但是后来考虑到不管是粮食还是食用油的原料都可以作为种子使用，因此便将这两大类留在了新成立的农部里，没有划出来。各省设立盐铁分道，简称盐道，所以小说中出现的盐道并不是原来历史中的盐道。
路桥总道：新设立的衙门，管理国家修建的国道和桥梁，现在只负责管理养护，不负责建设，将来会将工部的道路桥梁建设的权利划归路桥总道管理。还负责某些路段和桥梁收取过路费的职责。因为蒸汽机车的研发是工部的主要职责，因此将来铁路的建设与运营可定也会由工部划归到路桥总道衙门的。各省设立的直属衙门简称路道。
地方上设省、畿（读ji，基音）、府（州）、县（路）等行政单位：
省：等同与现代的省，各省分化不做细表。省的最高长官叫做一省巡察慰抚使，简称巡抚，尊称抚台，政府文书除特殊情况外则统一称巡抚。和历史上清朝的巡抚不同，这个巡抚不负责军队事务。例如河南一省巡察慰抚使就是河南巡抚、安徽一省巡察慰抚使就是安徽巡抚等。
畿：只有北京、金陵、成都、泉州四城，北京称为京畿、金陵称为南畿、成都称为内畿、泉州称为海畿。级别同省，主官也叫巡察抚慰使，简称巡抚。畿由于地域等原因，下面不设府，而是直接管辖州和路。
府：相当于现代的地级市，但又有区别，由于生产力发展的原因，人口聚居密度没有现代这么大，虽然本文中出现了资本主义初级时期的工厂，但是由于时间及文化差异，同样不可能出现大规模人口自然迁徙（由农村进入城市），所以府所在的主县并不能称为市，甚至连现在一个区都没法比。府属省